Високий рівень абстракції дозволяє кібернетиці знаходити загальні методи підходу до вивчення систем якісно різної природи, наприклад технічних, біологічних і навіть соціальних. Основним методом пізнання в медичній кібернетиці є метод моделювання, який засновано на глибокому аналізі процесу чи системи, що вивчається. У медичній кібернетиці широко застосовується метод, який носить назву "чорний ящик" з його макро- та мікропідходами.
