В статті запропоновано концептуальну модель системи комплексного вирощування і переробки ріпаку на біодизель для інноваційних проектів новостворюваних агрохолдингів чи модернізації діючих аграрних підприємств. Модель дозволяє перейти до розробки методів управління властивостями інноваційних проектів із виробництва синтетичного біопалива для власних потреб аграрних підприємств та агрохолдингів.