На основе теоретико-графового подхода моделирования разработана методика математического моделирования защищенной информационно-телекоммуникационной системы (ИТС), в виде многослойной GERT-сети. Определены наиболее сложные с вычислительной точки зрения этапы моделирования. Разработан алгоритм эквивалентных, упрощающих преобразований GERT-сети.